Riaditeľa SIS na základe návrhu vlády vymenúva prezident. Vyštudovaný právnik Pavol Gašpar pôsobil v minulosti v polícii i justičných orgánoch, viedol tiež advokátsku prax. V súčasnosti je štátnym tajomníkom Ministerstva spravodlivosti SR.
V súvislosti s postom šéfa SIS sa spomínal otec Pavla Gašpara, poslanec Národnej rady SR za Smer a bývalý prezident Policajného zboru Tibor Gašpar. V súčasnosti je vedením SIS poverený Tomáš Rulíšek.