Smrť najznámejšieho kritika je zahalená tajomstvom. Príčina jeho smrti nebola zverejnená. V úmrtnom oznámení, ktoré dostala jeho matka a právnici, sa uvádza, že Navaľnyj zomrel na „syndróm náhleho úmrtia“ - nejasný termín, ktorý opisuje problémy súvisiace so srdcom spôsobujúce smrť.
Navaľného telo vydali jeho matke až vyše týždňa po jeho smrti. Ruské úrady ho spočiatku odmietli vydať s tým, že je potrebné dvojtýždňové „chemické skúmanie“, informovala Navaľného asistentka Kira Jarmyšová.
Vdova Julija obvinila Putinov režim, že jej manžela otrávil nervovoparalytickou látkou novičok. Osečkin povedal, že to považuje za nepravdepodobné. „Je to, samozrejme, možné, ale keď je niekto pod kontrolou väzenského systému, existuje veľa možností, ako ho zabiť,“ vysvetlil aktivista. „Novičok by v jeho tele zanechal stopy a viedlo by to priamo k Putinovi, vzhľadom na to, že sa o to už raz pokúsil,“ dodal. Kremeľ dôrazne poprel akúkoľvek účasť na Navaľného smrti, pričom Putinov hovorca tieto obvinenia označil za „nepodložené a hrubé“.