Let riadil 53-ročný starší pilot Zaharie Ahmad Shah, ktorý pre leteckú spoločnosť pracoval 30 rokov, a 27-ročný prvý dôstojník Fariq Hamid, ktorý bol na svojom poslednom výcvikovom lete. O Zaharieho duševnom stave sa v priebehu rokov podľa Mirroru špekulovalo, pričom sa uvádzalo, že ho deň pred osudným dňom opustila manželka kvôli jeho údajným aféram. Dokument BBC odhaľuje, že pilot Zaharie nacvičoval podobný let hlboko v odľahlom južnom Indickom oceáne na simulátore necelý mesiac predtým, ako lietadlo za podobných okolností zmizlo.
Tieto kontroverzné detaily, ktoré podľa niektorých ľudí Malaysia pred verejnou správou zatajila, sa zdajú byť najsilnejším dôkazom, že kapitán zámerne vyletel s lietadlom z kurzu ako súčasť plánovanej vraždy a samovraždy. Malajzijské úrady však vždy odmietali tvrdenia, že Zahaire úmyselne narazil s lietadlom do mora. Austrálsky úrad pre bezpečnosť dopravy sa tiež domnieva, že pilot bol v posledných chvíľach v bezvedomí, pričom lietadlo bolo neovládateľné.
