Už päť rokov pred Slovenskom, 12. marca 1999, vstúpili do NATO Česká republika, Maďarsko a Poľsko. O ich prijatí rozhodol summit NATO v Madride (8. a 9. júla 1997), Slovensko však na ňom pozvánku do Aliancie nedostalo.
Po rozdelení Česko-Slovenskej Federatívnej Republiky 1. januára 1993 vstúpila SR do Severoatlantickej rady pre spoluprácu (NACC). V ďalšom roku pristúpila k programu Partnerstvo za mier (PfP). Vláda Vladimíra Mečiara (1994-1998) sa však stala terčom kritiky zahraničných partnerov najmä pre nedemokratické praktiky a pre kauzy ako únos prezidentovho syna Michala Kováča mladšieho, smrť Róberta Remiáša, či zbavenie mandátu poslanca Františka Gauliedera, ktorý vystúpil z klubu Mečiarovho Hnutia za demokratické Slovensko.
Vstupu do NATO sa týkalo referendum, ktoré sa konalo 23. a 24. mája 1997. Stalo sa známym tiež ako "zmarené referendum". Tri otázky referenda navrhla Mečiarova vláda: 1. Ste za vstup SR do NATO? 2. Ste za rozmiestnenie jadrových zbraní na území SR? 3. Ste za rozmiestnenie vojenských základní na území SR?
