Napriek tomu sa však SR v roku 1997 neuvádzala na liste pozvaných spolu s Českou republikou, Maďarskom a Poľskom, ktoré sa stali členmi NATO v roku 1999. SR nebolo spomenuté ani ako horúci kandidát v druhej vlne rozširovania, kde sa vtedy počítalo iba so Slovinskom a Rumunskom.
Snahy o euro-atlantickú integráciu sa opäť oživili v roku 1998 a v roku 1999 bola SR na washingtonskom summite zaradená na zoznam kandidátskych krajín na členstvo v Aliancii. Na summite bol zároveň vytvorený a prijatý takzvaný Akčný plán členstva na lepšiu prípravu krajín na členstvo.
Pozvánku na prístupové rokovania o vstupe dostala SR v roku 2002. Oficiálnym členom NATO sa stala 29. marca 2004 spolu s Bulharskom, Estónskom, Litvou, Lotyšskom, Rumunskom a Slovinskom.
