Neskoršia fáza kliešťovej encefalitídy je vážnejšia, postihuje nervovú sústavu, vyskytuje sa tiež zápal mozgu a mozgových blán. To sa prejaví vysokými horúčkami, svetloplachosťou, závratmi, vracaním, bolesťami hlavy, nervovou a svalovou obrnou, dezorientáciou, poruchami spánku či vedomia. Príznaky, kvôli tomu, že ide o vírusové ochorenie, je možné iba tlmiť a účinnou ochranou je očkovanie.
Lymská borelióza zase napáda kĺby srdce a nervový systém, pričom ochorenie môže prejsť až do tretej fázy, čo znamená celoživotné problémy s bolesťami kĺbov, zápalom osrdcovníka, tŕpnutím končatín či poruchami pamäti. Avšak, ak sa ochorení podchytí včas, môžete s ním zatočiť antibiotikami, ktoré vám predpíše lekár.