Polanski sa v roku 1977 priznal v USA k pohlavnému styku s 13-ročným dievčaťom. Za to si vo väzení odsedel 42 dní a následne ho prepustili na kauciu. Na vyhlásenie rozsudku však nečakal a v roku 1978 ušiel do Francúzska. V USA naňho stále platí zatykač, pričom v Hollywoode je nežiaducou osobou.
Po tom, čo sa po obvineniach zo sexuálneho zneužívania voči americkému filmovému producentovi Harveymu Weinsteinovi sformovalo celosvetové hnutie #MeToo, prišlo niekoľko žien s tvrdením, že Polanski ich ako tínedžerky sexuálne obťažoval. Polanski odmietal tieto obvinenia, ktoré sa nikdy nedostali na súd. Zistil však, že v jeho situácii je ťažké získať globálne distribučné zmluvy na filmy, ktoré režíruje, aj keď herci sú stále ochotní pracovať s ním.
Naposledy bola ocenená jeho historická filmová dráma o krivom obvinení a odsúdení dôstojníka židovského pôvodu Alfreda Dreyfusa - v roku 2020 získala francúzske prestížne ceny César hneď v troch kategóriách: za najlepšiu réžiu, najlepší adaptovaný scenár a najlepšie kostýmy. Po oznámení verdiktu poroty, že Polanski zvíťazil ako najlepší režisér, časť publika na protest opustila sálu kultúrneho centra Pleyel v Paríži, kde sa galavečer konal.
