Mnohé zo žien obviňujúcich Rupnika zo zneužívania sú mníšky z kláštora v Ľubľane, ktorý začiatkom 90. rokov spoluzakladal. Ďalšie obvinenia zo zneužívania sa týkajú Rupnikovho pôsobenia v umeleckom inštitúte v Ríme, ktorý tiež založil.
Cirkev v roku 2020 Rupnika nakrátko exkomunikovala. Vrátil sa do nej po tom, ako sa formálne kajal. V júni 2023 Rupnika vylúčili z jezuitskej rehole, ktorej členom je aj pápež František - ten vlani v októbri zrušil premlčanie Rupnikovho prípadu, aby sa s ním mohol uskutočniť súdny proces.