Whelan tvrdil, že bol v Moskve na priateľovej svadbe a myslel si, že USB kľúč obsahuje fotografie z dovolenky. V čase zadržania pracoval ako bezpečnostný zamestnanec v americkej firme na výrobu autodielov. Obvinenia popieral.
Moskovský súd však jeho argumentáciu odmietol a v júni 2020 ho odsúdil za špionáž na 16 rokov vo väzení s vysokým stupňom stráženia. Trest by si mal odpykávať trestaneckej kolónii IK-17 v Mordviansku. USA považujú jeho väznenie za neoprávnené a dlhodobo lobujú za jeho prepustenie.
V Rusku je v súčasnosti zadržiavaných alebo väznených viacero občanov USA, okrem Whelana ide napríklad o novinárov Evana Gershkovicha a Alsu Kurmaševovú, ako aj balerínu Xeniu Karelinovú, vojaka Gordona Blacka či ďalšieho "mariňáka" Roberta Gilmana.
