Od polovice 90. rokov, keď české úrady začali stíhať bývalých popredných funkcionárov komunistickej strany kvôli vlastizrade z roku 1968, sa stal Hoffmann jediným právoplatne odsúdeným politikom a jediným, ktorý nastúpil na výkon trestu.
Český Úrad pre dokumentáciu a vyšetrovanie zločinov komunizmu obvinil v roku 1995 Hoffmanna spolu s ďalšími štyrmi čelnými komunistickými predstaviteľmi (Milošom Jakešom, Jozefom Lenártom, Vasilom Biľakom a Aloisom Jindrom) z vlastizrady za ich konanie počas začiatku okupácie Československa v roku 1968.
Pred sudcov pražského Mestského súdu sa Karel Hoffmann postavil v júni 2003 - za vlastizradu mu hrozilo 12 až 15 rokov väzenia, prípadne výnimočný trest. Súd ho 9. júna 2003 uznal vinným len zo sabotáže. Jednoznačne sa totiž podarilo dokázať iba to, že nariadil vypnutie rozhlasových vysielačov, ale chýbali dôkazy, že tak urobil po predchádzajúcej dohode so sovietskou mocou. Preto muži v talároch trestný čin postupne prekvalifikovali z vlastizrady cez zneužitie právomocí verejného činiteľa na sabotáž. Šesťročný trest mu neskôr znížili na štyri roky odňatia slobody nepodmienečne, čo bola spodná hranica.
