Pred nástupom do väzenia zvolal Karel Hoffmann do pražského sídla Komunistickej strany Čiech a Moravy (KSČM) tlačovú besedu. Trval na svojej nevine a vyhlásil, že nijaký zo svojich skutkov neľutuje. Súčasne povedal, že o milosť nikdy nežiadal a až do smrti bude žiadať iba spravodlivosť. Týmito slovami reagoval na vyjadrenie vtedajšieho prezidenta Václava Klausa, ktorý naznačil, že o udelení milosti uvažuje. O milosť prezidenta nepožiadal Hoffmann, ale jeho dcéry, ktoré k tomu viedli humanitárne dôvody, zlý zdravotný stav a vysoký vek ich otca.
Za mrežami však nepobudol dlho a brány väzenia opustil už po 26 dňoch - 3. septembra 2004. Súd mu zostatok štvorročného trestu zo zdravotných dôvodov odpustil. Karel Hoffmann, ktorý do konca života zastával názor, že invázia do Československa v roku 1968 bola správnym krokom, zomrel 21. februára 2013 vo veku 88 rokov.
