Vedci sa na základe týchto kusých fosílnych dôkazov pokúsili rekonštruovať evolúciu hobitov. Niektoré podporili názor, že hobiti sa vyvinuli z menších hominidov, ako napríklad Homo habilis alebo Australopithecus, ktorí v Afrike žili pred viac než dvomi miliónmi rokov, hoci nikdy sa nenašli dôkazy, že by opustili Afriku.
Druhou možnosťou je, že hobiti sa vyvinuli z vyššieho predka, Homo erectus, považovaného za priameho predka moderného človeka v Afrike. Na ostrove Jáva, ktorý susedí s ostrovom Flores, sa našli jeho fosílie staré milión rokov. Je preto možné, že sa Homo erectus dostal aj na Flores, kde sa zmenšil podobne ako cicavce na iných ostrovoch s nedostatkom zdrojov. Túto teóriu podporuje aj iný nález z jaskyne Liang Bua. Vedci v nej objavili pozostatky vyhynutého slona druhu Stegodon vysokého iba 1,5 metra. Dosahoval tak iba necelú tretinu výšky jedincov tohto druhu na pevnine.
Zuby a sánka nájdené z Mata Menge však neumožňovali určiť telesnú výšku. Vedci ju mohli odhadnúť až v roku 2013 po náleze ostatkov ramennej kosti (humeru). Biologická antropologička Myra Lairdová z Pensylvánskej univerzity, ktorá sa nepodieľala na štúdii, ich považuje za vážny dôkaz na podporu teórie, podľa ktorej sa Homo floresiensis vyvinul z Homo erectus. Ako dôvod uvádza tvar kostí, ktoré sú priame ako kosti vzpriamene kráčajúceho jedinca, nie čiastočne zahnuté ako u hominidov lezúcich po stromoch.
Iní odborníci však očakávajú pokračovanie diskusie až do objavenia fosílií starých 700.000 až milión rokov.
"Treba brať do úvahy všetky dostupné dôkazy, nie vyberať si to, čo sa hodí," vyhlásil paleoantropológ Matthew Tocheri z Lakehead University. Poukazuje pritom na štúdie, ktoré teóriu o vývoji hobitov zo starších hominidov, ako je Homo erectus, založili na viac než 100 kostrových znakoch.
Dôvod vyhynutia hobitov pred približne 60.000 rokmi zostáva záhadou, približne v tomto čase však do oblasti dorazili moderní ľudia. Hobiti tak možno podľahli tlaku zo strany ľudí, no na potvrdenie tejto teórie je potrebný ešte ďalší výskum.
