Inšpiráciou pre túto fiestu, ktorá býva vždy v poslednú augustovú stredu, bola údajne udalosť z roku 1945. Miestna mládež sa počas sprievodu na počesť miestneho svätca poškriepila a začala sa ohadzovať paradajkami. Podľa legendy vyrabovali aj stánok miestneho zeleninára. Škodu mu neskôr museli nahradiť. Na bitku sa však nezabudlo a o rok sa jej účastníci zišli znova, ale doniesli si už vlastné paradajky. Vyvinula sa z toho tradícia, ktorá každý rok naberá na popularite.
Podujatie bolo zakázané niekoľko rokov počas režimu diktátora Francisca Franca. Následne ho však obnovili. Od roku 2013 kapacitu účastníkov regulujú miestne úrady so zámerom zabezpečiť udržateľnosť podujatia a zvýšiť bezpečnosť ľudí. Médiá spropagovali La Tomatinu v 80. rokoch a odvtedy láka návštevníkov z celého sveta.
