České dráhy (ČD) uviedli, že sa im postupne darí spoje obnovovať, ale v najviac zasiahnutých oblastiach na východe krajiny sú niektoré trate úplne zničené. Niekde voda odplavila násyp pod koľajami, preto v určitých úsekoch visia vo vzduchu. Na ďalších miestach je trať podmáčaná alebo podomletá. ČD sa snažia v týchto lokalitách zaviesť aspoň náhradnú autobusovú dopravu, niekde ale ani toto nie je možné, lebo zničené sú aj cesty.
Od stredy 18. septembra je čiastočne obnovená železničná doprava na niektorých tratiach rakúskych železníc ÖBB. Do Viedne opäť premávajú spoje zo stanice Bratislava-Petržalka a obnovené budú aj vlaky, ktoré do Viedne smerujú z Košíc cez Bratislavu. Vlaky z Bratislavy do Zürichu sú minimálne do 24. septembra odrieknuté z dôvodu poškodených tratí v Rakúsku.
Z dôvodu uzavretia cesty spájajúcej Štúrovo s obcou Chľaba, ktorú zaplavil Dunaj, bude po dohode s krízovým štábom Nitrianskeho samosprávneho kraja od stredy až do odvolania mimoriadne zastavovať šesť medzištátnych vlakov aj na železničnej zastávke Chľaba.
