Ministerstvo vnútra (MV) SR považuje vyjadrenia PS za nepravdivé a zavádzajúce. Upozorňuje pritom, že napráva chyby bývalej vlády. Poslanci PS Jana Hanuliaková a Marek Lackovič upozornili, že centrá vzniknú tam, kde už existujú spoločné obecné alebo stavebné úrady. "Vo výsledku tak milióny eur z eurofondov pôjdu akurát na nákup nových počítačov či kopírok," upozornila Hanuliaková. Neefektivita projektu sa môže podľa nej prejaviť aj v tom, že po vyčerpaní eurofondov nebudú mať obce na novú agendu dostatok prostriedkov. Rezort vnútra upozornil, že novovzniknuté CZS zvýšia počet vykonávaných agend v rámci spoločného obecného úradu alebo zvýšia počty obcí zahrnutých do spoločného obecného úradu.
Za neefektívne pri zriaďovaní CZS považuje to, že bývalá vláda bez komunikácie so samosprávami vyhlásila výzvu a dlhých desať mesiacov vôbec nereagovala na fakt, že sa nikto neprihlásil. "Plán obnovy a odolnosti presne upravuje podmienky a možnosti použitia prostriedkov mechanizmu," pripomenulo MV. "O vyhodených prostriedkoch možno hovoriť iba v prípade, ak by neboli vôbec použité. Navyše, pri nerealizovaní tohto cieľa z plánu obnovy a odolnosti by Slovensku hrozili vysoké sankcie," upozornil rezort v súvislosti s tým, že zriadenie CZS je podmienkou na splnenie míľnika v rámci šiestej žiadosti o platbu z plánu obnovy.
