V kokpite sa potom v nasledujúcich minútach rozsvietilo niekoľko výstražných svetiel, ale piloti ich opäť ignorovali. Lietadlo pokračovalo v stúpaní, zatiaľ čo posádka vôbec netušila, že v lietadle dochádza k postupnej strate tlaku v kabíne, čo spôsobilo, že hladina kyslíka na palube prudko klesla. Preto sa v kabíne pre cestujúcich spustili aj kyslíkové masky.
Kapitán Merten kontaktoval operačné stredisko spoločnosti Helios a oznámil, že „výstraha konfigurácie vzletu je zapnutá“, ako aj to, že „chladiace zariadenie je normálne a striedavo vypnuté“ a „svetlá ventilátora chladenia sú vypnuté“. Požiadali ho, aby potvrdil, že systém pretlakovania kabíny je nastavený na automatický režim, a nie na manuálny, ale on túto otázku ignoroval a pokračoval v diskusii o problémoch, keďže už začínal pociťovať hypoxiu.
Tento pojem označuje ľudí, ktorí pociťujú nízku hladinu kyslíka, čo spôsobuje zmätenosť, nepokoj, ťažkosti s dýchaním, zrýchlený tep, zmodranie pokožky a stratu vedomia. Čoskoro boli piloti a všetci na palube v bezvedomí a let 522 plachtil vo vyčkávacom režime v autopilotovi niekoľko hodín.
