Stíhačky boli bezradné a ich jedinou nádejou, ako zabrániť ešte väčšej tragédii, bol palubný sprievodca Andreas Prodromou, ktorému sa vďaka prenosnej zásobe kyslíka podarilo zostať pri vedomí. V zúfalej snahe získať späť kontrolu nad lietadlom vstúpil do kokpitu a usadil sa na kapitánske sedadlo. Prodromou bol držiteľom britskej licencie obchodného pilota, ale nemal kvalifikáciu na pilotovanie Boeingu 737. Napriek všetkej snahe bol jeho osud spečatený, ľavý motor ochabol a lietadlo začalo klesať.
Aj keď si bol vedomý, že sa z toho nedostane živý, 25-ročný mladík urobil obetavé rozhodnutie pokúsiť sa lietadlo odkloniť od Atén, aby zabránil ďalším obetiam. Namiesto toho ho nasmeroval do vidieckej oblasti. Len 10 minút po tom, čo zlyhal ľavý motor, zhasol aj pravý motor a lietadlo spoločnosti Helios Airways sa zrútilo na svah kopca vzdialeného asi 25 kilometrov od Atén.
Pri náraze sa lietadlo vznietilo, čo znamená, že veľká väčšina tiel zhorela na nepoznanie, pričom pitvy neskôr odhalili, že osoby na palube boli v čase havárie pravdepodobne ešte nažive. Nasledovalo vyšetrovanie gréckych orgánov a leteckej spoločnosti Helios Airways, ktoré ukázalo, že za chaos, ktorý vypukol na oblohe a šokoval Európu, je zodpovedný spínač.