Keď lietadlo predtým v ten istý deň priletelo z Londýna do Larnaky, pôvodná posádka sa sťažovala na zamrznuté dvere a počula zvláštne zvuky vychádzajúce zo servisných dverí. Vyžiadali si ich úplnú kontrolu, pričom videli, ako pozemný inžinier vykonáva kontrolu tesnosti tlakovania, a aby ju mohol vykonať bez zapnutých motorov, musel nastaviť systém tlakovania na „ručný“.
Po vykonaní testu ho však nikdy neprepol späť na „automatický“ - takže keď lietadlo stúpalo cez mraky, znížil sa tlak bez toho, aby si niektorý z členov posádky uvedomil, čo sa deje.
Okrem toho bolo na palube zaznamenaných niekoľko prípadov problémov s tlakom v kabíne počas viacerých predchádzajúcich letov. Rodiny, ktoré prišli o svojich blízkych počas tohto nešťastného letu, podali množstvo žalôb na Helios Airways aj Boeing a cyperská vláda v roku 2006 leteckú spoločnosť zrušila.
