Kapitán ide oddychovať
1.55 „Preberie to po mne,“ hovorí kapitán, ktorý zobudil druhého kopilota, aby ho vystriedal v kabíne kvôli oddychu. Nasledovala krátka porada pilotov. Prvý kopilot informoval druhého o situácii, spomenul pri tom, že mierne turbulencie budú pokračovať, pretože sú pred nimi ďalšie mračná: „Bohužiaľ, letíme v oblačnosti a nemôžeme vystúpať vyššie, pretože teplota klesá pomalšie, než by mala.“ Zároveň spomenul, že sa nedokáže spojiť s operátorom z letiska: „Spojenie s Dakarom zlyhalo.“
Nefunguje autopilot
2:01:46 Kapitán opustil kokpit.
2.06 Prvý kopilot kontaktoval zvyšných členov posádky s upozornením, že letia do pásma, kde budú turbulencie. „Do dvoch minút by sme mali vstúpiť do oblasti, kde to bude hádzať trošku viac ako teraz. Dávajte si pozor. Opäť sa ohlásim, keď z toho vyletíme.“
2:08:07 Druhý kopilot poradil prvému, aby odbočil trochu doľava a mierne znížili rýchlosť: „Možno môžeš zahnúť trochu doľava.“
2.10:05 Začali sa prvé vážne problémy. Službu vypovedal autopilot, ktorý riadil lietadlo prakticky od jeho štartu. Riadenie prebral prvý kopilot.