Nad týmto rozhodnutím však mnohí krútia hlavami. Hneď po oznámení zmieru sa začali šíriť špekulácie, či za týmto krokom nie je politické pozadie - konkrétne podpora, ktorú Babiš prejavil Petrovi Pellegrinimu v kampani pred prezidentskými voľbami. Opoziční politici dokonca naznačujú, že mohlo dôjsť k zákulisným dohodám. Šutaj Eštok však takéto obvinenia tvrdo odmieta: „Nie sú za tým žiadne zákulisné dohody, žiadna politika!“
Tento spor trvá od roku 2012, keď Babiš podal žalobu na ÚPN. Už vtedy trval úrad na tom, že český premiér bol vo zväzkoch ŠtB evidovaný oprávnene. Podľa ÚPN je uzavretie zmieru popretím obsahu archívnych dokumentov.
„Oprávnenosť evidencie Andreja Babiša ako tajného spolupracovníka ŠtB dokazujú viaceré spisy ŠtB, ktoré na seba obsahovo a chronologicky nadväzujú,“ tvrdí ústav. ÚPN sa odvoláva na množstvo archívnych materiálov a dokonca ponúka verejnosti online štúdiu predsedu Správnej rady ÚPN Jerguša Sivoša, kde sú tieto dokumenty detailne analyzované.