Vyšetrovanie vykonali ŽSR ako manažér infraštruktúry v spolupráci s dopravcom vlaku, Železničnou spoločnosťou Slovensko, v zmysle ustanovení zákona o dráhach. Podrobné vyšetrovanie zahŕňalo vykonanie desiatok zápisov so zúčastnenými zamestnancami, merania a preskúšania rôznych druhov zabezpečovacích zariadení, vykonanie množstva komisionálnych prehliadok alebo kontrolu hodín zvukových záznamov.
Vyšetrovanie, ktoré vykonali inšpektori bezpečnosti železničnej dopravy, sa zameralo na všetky aspekty vzniku udalosti. Preverili sa operácie vykonávané počas mimoriadnych poveternostných podmienok zo dňa 26. júna 2024, ktoré viedli k výpadkom napájania trakčného vedenia. Bolo zistené, že v tento deň došlo k viacerým výpadkom, či už v ŽST Nové Zámky, alebo v priľahlých traťových úsekoch, čo si vyžiadalo výjazdy zamestnancov elektrotechniky a energetiky na odstránenie zistených porúch a poškodení zariadení železničnej infraštruktúry.
V dôsledku potreby opravy previsnutého trakčného vedenia v úseku Nové Zámky - Dvory nad Žitavou, ktoré priamo ohrozovalo premávku cestných vozidiel na dvoch železničných priecestiach v danom medzistaničnom úseku, bola na týchto priecestiach v nočnej zmene z 26. na 27. júna zavedená po jednej traťovej koľaji tzv. výluka, čiže bola vypnutá závislosť PZZ od jazdy koľajových vozidiel, aby sa predišlo ich trvalému uzatvoreniu, a tým ochromeniu cestnej premávky.
