V roku 2022 František začlenil komisiu do Rímskej kúrie (vlády Svätej stolice) a požiadal o ročné "spoľahlivé vyúčtovanie toho, čo sa v súčasnosti robí a čo je potrebné zmeniť". Od nástupu do čela katolíckej cirkvi v marci 2013 František (87) potrestal niekoľko biskupov, ktorí vo svojich diecézach dostatočne neriešili odhalenia o zneužívaní kňazmi, a zaviedol povinné nahlasovanie zneužívania. Obete však tvrdia, že sa môže a musí urobiť viac.
Pápež zriadil nezávislú komisiu odborníkov v decembri 2014 ako reakciu na množstvo odhalení sexuálneho zneužívania katolíckymi kňazmi a ich utajovanie. Komisia čelila silnej kritike za svoju organizáciu, financovanie a úlohu; niekoľko jej významných členov preto odstúpilo.
Situáciu zmenila cesta pápeža v januári 2018 do Čile, kde pedofilné škandály kňazov vyvolali pobúrenie. František spočiatku obhajoval čilského biskupa proti obvineniam, že zakrýval pedofilné zločiny staršieho kňaza. Neskôr priznal, že sa v tomto prípade dopustil "závažných chýb".
