Po porážke labouristov v komunálnych voľbách v Anglicku v máji 2006 a v súvislosti so správami o Prescottových aférach a sexuálnom obťažovaní uskutočnil premiér Tony Blair zmeny vo vláde a odvolal Prescotta z postu ministra, no ponechal na poste podpredsedu vlády. Prescott na túto funkciu nakoniec rezignoval 10. mája 2007.
V júli 2016 Prescott napísal úvodník pre bulvárny denník Sunday Mirror, v ktorom vyjadril ľútosť nad tým, že Británia sa v roku 2003 zapojila do vojny v Iraku.
S manželkou Pauline Tilstonovou má Prescott dvoch synov.