Trudeau sa ako predseda vlády snažil uprednostňovať zmierenie s približne 600 domorodými kmeňmi Kanady, pričom sa oficiálne ospravedlnil za krivdy z minulosti a vyčlenil miliardy dolárov na pozdvihnutie komunít pôvodného obyvateľstva, ktoré v minulosti čelili neprimeranej miere chudoby či násilia. Čelí však aj kritike za to, že v roku 2019 odvolal po hádke ministerku spravodlivosti Jody Wilsonovú-Raybouldovú, ktorá zastávala tento post ako vôbec prvá predstaviteľka pôvodného obyvateľstva.
Jeho menšinová liberálna vláda má po deviatich rokoch pri moci veľmi nízku podporu verejnosti a po strate podpory malej ľavicovej frakcie v parlamente jej kedykoľvek hrozia predčasné voľby.