Plynovod bol poškodený v septembri 2022, keď na ňom aj plynovode Severný prúd 1 došlo k sabotáži. WSJ v tom čase informoval, že za sabotážou sú Ukrajinci. Zatiaľ čo cez prvú vetvu plynovodu Nord Stream 1 sa pred poškodením prepravoval plyn z Ruska po dne Baltského mora do Nemecka, Nord Stream 2 sprevádzkovaný byť nestihol.
Dôvodom bol útok Ruska na Ukrajinu a sankcie západných štátov. Aj po sabotáži je však stále čiastočne funkčný, keďže výbuch poškodil iba jedno z dvoch potrubí plynovodu.