Vyšetrovanie vedú juhokórejské úrady podporované tímom amerického Národného úradu pre bezpečnosť dopravy (NTSB), ako aj zástupcami firmy Boeing a amerického Federálneho úradu pre letectvo (FAA).
Pomocou analýzy DNA alebo odberu odtlačkov prstov sa podarilo identifikovať všetkých 179 obetí. Za jednu z možných príčin nešťastia sa pôvodne považovala zrážka lietadla s vtákmi. Pozornosť vyšetrovateľov sa medzičasom sústredila aj betónovú bariéru na konci pristávacej dráhy, do ktorej boeing narazil.
Do úvahy sa berú aj otázky týkajúce sa možných mechanických porúch. Miestne médiá informovali, že pri prvom neúspešnom pokuse o pristátie letu 2216 sa podvozok správne vysunul, no pri druhom zlyhal.