Dôvodom je jeho návšteva v roku 2010, keď tam bol na pozorovateľskej misii počas volieb. Mikloško sa ocitol v tamojšom regióne Náhorný Karabach, o ktorom vtedy vyhlásil, že jeho budúcnosť spočíva v istom druhu konfederácie Azerbajdžanu, Karabachu a Arménska na spôsob Beneluxu. „Keďže v tamojších parlamentných voľbách bola 74-percentná účasť, povedal som, že to bolo akoby referendum o nezávislosti Náhorného Karabachu,“ vysvetlil Mikloško.
Ešte v roku 2010 ho za tieto výroky zaradili na zoznam „persona non grata“. Teraz ho už trestne stíhajú za narušenie územnej celistvosti a ilegálne prekročenie hraníc. V Náhornom Karabachu boli aj americkí senátori i ruskí poslanci. „Oni si vybrali mňa. To je divné. Vždy som tvrdil, že tento región je hranica kresťanského sveta v Európe. Keď Európa pustí Náhorný Karabach, iný svet začne valcovať v Európe,“ dodal. Mikloško zatiaľ nevie, či Azerbajdžan požiada Slovensko o jeho vydanie.