Preto je dôležité pri pobyte v prírode zabrániť prisatiu kliešťa, či už nosením vhodného oblečenia a obuvi do prírody alebo používaním repelentov. Pred kliešťovou encefalitídou je tiež možné nechať sa zaočkovať. Pokiaľ si človek kliešťa nájde, mal by ho odstrániť čo najskôr. Po návrate z prírody treba preto vždy skontrolovať nielen celé telo, ale aj šatstvo. "Ak sa vám podarí nájsť ešte neprisatého kliešťa, alebo ste si kliešťa práve odstránili, okamžite ho zlikvidujte. Narábajte s ním však opatrne, nakoľko môže byť infikovaný. Kliešte sú veľmi odolné, a preto sa za najúčinnejší spôsob považuje spáliť ho," uviedol riaditeľ Parazitologického ústavu Slovenskej akadémie vied Branislav Peťko.
Kliešť by sa mal z tela odstrániť čo najskôr. "Najľahšie sa odstraňuje krátko po prisatí, približne do dvoch hodín od prichytenia na kožu alebo až v štádiu, kedy je napitý krvou. Čím dlhšie ostáva infikovaný kliešť prisatý, tým vyššie je riziko prenosu ochorenia, preto ho treba odstrániť čo najskôr," povedala vedúca Odboru epidemiológie Regionálneho úradu verejného zdravotníctva v Banskej Bystrici Mária Avdičová. Kliešťa treba podľa jej slov uchopiť čo najbližšie pri koži, ak sa dá, tak za tvrdú hlavičku. "Pomaly ním kývajte zo strany na stranu a keď sa uvoľní, vytiahnite ho. Ideálne je používať špeciálne umelohmotné pinzety, ktoré zabraňujú mechanickému poškodeniu kliešťa. Ranu vždy vydezinfikujte," priblížila Avdičová.
Kedysi bolo populárne vyberať kliešťa pomocou vaty a oleja či mydla. Dnes sa tento spôsob považuje za najriskantnejší. Kliešť sa začne dusiť a vylučovať do rany obsah čriev. Nemá sa točiť, keďže nemá závit. Pri takomto odstraňovaní môže dôjsť k ulomeniu bodavého orgánu kliešťa. Pri uchopení tela kliešťa môže zase dôjsť k jeho rozpučeniu, či odrhnutiu hlavičky. Rovnako je nevhodné násilné odtrhnutie. Najčastejším dôsledkom nesprávneho odstránenia kliešťa je, že sa ho nepodarí vybrať celého. Pokiaľ nie je infikovaný, telo by si malo s touto situáciou poradiť bez pomoci. Odborníci však odporúčajú v takomto prípade navštíviť lekára. Rizikom je aj rozpučený kliešť, ktorý môže človeka nakaziť cez mikroskopickú ranku na koži. Kliešťa sa preto treba okamžite zbaviť a vydezinfikovať si tie časti tela, ktoré prišli do kontaktu s jeho obsahom.