Hoci Vaculík patril medzi popredných povojnových českých spisovateľov, ľudia ho poznali skôr ako autora legendárnej výzvy 2000 slov z júna 1968. Jeho dielo totiž od roku 1969 až do novembrovej revolúcie vychádzalo len v samizdate.
Ako informoval internetový server Novinky.cz, Vaculík sa narodil v roku 1926 do rodiny tesára. Počas druhej svetovej vojny pracoval vo firme Baťa v Zlíne a v Zruči nad Sázavou a súčasne navštevoval obuvnícku školu a obchodnú školu pre zahraničný obchod. Po vojne vstúpil do KSČ a vyštudoval Vysokú školu politickú a sociálnu. Popri štúdiu pôsobil ako vychovávateľ v internátoch pre učňov v Benešove nad Ploučnicí a v Prahe.
Po návrate z vojenskej služby sa stal redaktorom Rudého práva, neskôr pracoval aj v rozhlase a Lidových novinách. Vaculík bol čoskoro rozčarovaný z toho, ako komunistický režim zneužil idealizmus svojich stúpencov. Jeho kritický postoj vyvrcholil v roku 1967 na IV. zjazde spisovateľov, kde predniesol kritický prejav o povojnovom vývoji Československa. Okrem iného povedal, že za 20 rokov nebola v Československu vyriešená žiadna ľudská otázka. Za to bol vylúčený zo strany.
V roku 1968 sa Vaculík výrazne angažoval v politike. Stal sa autorom prehlásenia "2000 slov" a bol signatárom Charty 77. Po okupácii v auguste 1968 a následnej normalizácii mal zákaz akejkoľvek publikačnej činnosti.
Do emigrácie neodišiel, založil samizdatovú edíciu Petlice a venoval sa vydávaniu zakázaných autorov. Medzi jeho najznámejšie diela patria Sekyra, Morčata, Český snář alebo Jak se dělá chlapec. V roku 1996 získal Rad T. G. Masaryka a v roku 2008 dostal Štátnu cenu za literatúru.