Winterkorn tým prevzal tým zodpovednosť za škandál okolo manipulácie s emisiami pri naftových vozidlách. Winterkorn oznámil rezignáciu po stredajšom zasadnutí výkonného výboru dozornej rady koncernu, ktorého súčasťou je aj česká Škoda Auto. "Volkswagen potrebuje nový začiatok - a tiež na personálnej úrovni. Moju rezignáciou tomu robím miesto," vyhlásil Winterkorn. Uistil, že sám o manipuláciách s emisiami nevedel, a dodal, že bol týmito informáciami "šokovaný". Automobilka musela tento týždeň po zistení amerických úradov priznať, že do 11 miliónov svojich áut inštalovala softvér, ktorý rozpoznáva, kedy je vozidlo testované na emisie, a až v tej chvíli spustí systém, ktorý emisie pri testovaní znižuje.
Škandál okolo automobilky Volkswagen vypukol v piatok, kedy firmu z manipulácie emisných meraní pri naftových vozidlách obvinila americká Agentúra pre ochranu životného prostredia (EPA). Volkswagenu v USA hrozí pokuta až 18 miliárd dolárov a začalo tam proti nemu kriminálne vyšetrovanie. Škandál navyše tento týždeň začali vyšetrovať aj niektoré európske krajiny a dnes prípravné vyšetrovania oznámila spolková krajina Dolné Sasko, kde sídli ústredie skupiny.
Winterkorn sa generálnym riaditeľom a šéfom predstavenstva koncernu Volkswagen sa stal začiatkom roku 2007 a terajšia zmluva mu mala vypršať na konci budúceho roka. Tento rok v apríli vyšiel víťazne z mocenského súboja s vtedajším šéfom dozornej rady a patriarchom Volkswagenu Ferdinandom Piechom, ktorý odmietal Winterkornovi predĺžiť zmluvu, ale po svojej prehre odstúpil. Winterkornovi mala práve v piatok dozorná rada predĺžiť zmluvu o dva roky.
