V jeho neprítomnosti proti nemu vzniesli obvinenie z vraždy primátora mesta Neftejugansk Vladimira Petuchova. Agentúru Interfax o tom v utorok informoval s prípadom oboznámený zdroj. Podľa neho by malo nasledovať aj vyhlásenie medzinárodného pátrania a vydanie medzinárodného zatykača.
Chodorkovského hovorkyňa Kulle Pispanenová pre Interfax uviedla, že adresa, na ktorej sa bývalý oligarcha zdržiava, je ruským vyšetrovateľom známa.
Adresa "je aj na (webovej) stránke (politického hnutia) Otvorené Rusko," spresnila. Uviedla, že odvtedy, ako Vyšetrovací výbor Ruskej federácie (SK Rossiji) predvolal na výsluch Chodorkovského otca Borisa, nedošlo zo strany vyšetrovateľov vraždy k nijakým ďalším krokom.
O obnovení vyšetrovania Petuchovovej vraždy informoval 30. júna hovorca vyšetrovacieho výboru Vladmir Markin. Vysvetlil, že k tomu došlo na základe získania nových informácií. Markin pripustil, že Chodorkovskij mohol byť objednávateľom tejto vraždy i ďalších závažných trestných činov. Primátor Neftejuganska bol zavraždený 26. júna 1998. JUKOS mal v tomto meste výsadné postavenie ako najväčší zamestnávateľ, ale pre neplatenie daní do mestského rozpočtu sa údajne vedenie firmy dostalo do konfliktu s primátorom, ktorý pohrozil podaním žaloby. Za zorganizovanie vraždy bol na doživotie odsúdený bývalý šéf ochranky JUKOS-u Alexej Pičugin.
Chodorkovského zatkli 25. októbra 2003 na základe obvinenia zo sprenevery a daňových únikov. V roku 2005 ho súd uznal za vinného a odsúdil na deväť rokov väzenia. Po odvolaní mu trest o rok skrátili. Od marca 2009 do decembra 2010 sa konal ďalší súdny proces, v ktorom s Chodorkovským ako spoluobžalovaný vystupoval aj niekdajší manažér JUKOS-u Platon Lebedev. Obvinení boli zo sprenevery a prania špinavých peňazí. V tomto procese bol Chodorkovskij odsúdený na 14 rokov väzenia, pričom do výkonu trestu sa mu započítali aj roky strávené vo väzení po prvom procese.
Svoje súdne procesy i tresty označuje Chodorkovskij za politicky motivované. Podľa rozhodnutia Európskeho súdu pre ľudské práva (ESĽP) však proces vedený proti nemu nebol politický, i keď - ako uznal ESĽP - porušoval jeho práva na spravodlivý proces a práva na rešpektovanie súkromného a rodinného života. Chodorkovskij mal byť z väzenia prepustený 25. októbra 2014, ale na základe milosti, ktorý mu udelil ruský prezident Vladimir Putin, sa na slobodu dostal už 20. decembra 2013. Odvtedy žije Chodorkovskij v zahraničí.
