Jeho dolapenie oznámil v piatok mexický prezident Enrique Peňa Nieto na svojom konte na Twitteri. Informovala o tom agentúra AP. "Misia splnená. Máme ho," uviedol Nieto na svojom twitterovom účte.
Nemenovaný mexický predstaviteľ povedal, že Guzmána zadržali po prestrelke s príslušníkmi námornej pechoty v meste Los Mochis, ktoré leží v jeho rodnom štáte Sinaloa. Päť ľudí pritom zahynulo a jeden vojak utrpel zranenia, dodal. Mexické námorné sily uviedli, že vojaci dostali tip a následne vykonali raziu v dome v Los Mochis. V prestrelke zabili päť podozrivých osôb a ďalších šesť zatkli. Jeden vojak utrpel zranenia, nie je však v ohrození života. Vojaci objavil v dome dve obrnené vozidlá, osem dlhých zbraní, pištoľ a granátomet.
Americký proti drogový úrad DEA vyjadril mimoriadnu radosť zo zadržania Guzmána a mexickej vláde blahoželal. Pri zásahu bolo zatknutých niekoľko ďalších osôb. Podľa mexického námorníctva sa podarilo utiecť Ivánovi Gastélumovi, predpokladanému šéfovi severnej odnože kartelu Sinaloa.
Šéf nebezpečného drogového kartelu Sinaloa, prezývaný "El Capo" (Krpec), utiekol 11. júla z najstráženejšej mexickej väznice Altiplano cez zhruba 1,5 kilometra dlhý podzemný tunel. Napriek intenzívnemu pátraniu sa ho až dosiaľ nepodarilo dolapiť. Podľa prokuratúry Guzmána bezprostredne po úteku z väznice, ležiacej neďaleko hlavného mesta Mexiko, previezli autom do susedného štátu Querétaro, kde už na neho čakalo malé lietadlo. To ho dopravilo do horskej oblasti jeho domovského štátu Sinaloa.