Málokto však tuší, že v katakombách ukrývala kostnicu s pozostatkami stoviek mŕtvych. V jej okolí na terajšej Hlavnej ulici bol totiž v dávnych dobách cintorín. Ešte pred 200 rokmi vyzerala kaplnka úplne inak. Do dnešnej podoby sa dostala vďaka zbúraniu veľkej časti na začiatku minulého storočia. Pre verejnosť je prístupná na požiadanie.
Kaplnka sv. Michala stojí v tieni dómu a len málo turistov vie, že je staršia. Pochádza už zo 14. storočia. S istotou nevedno, ako vznikla. „Jedna z hypotéz hovorí, že kaplnku postavili ako obrovský relikviár. Nepozorný kňaz v pôvodnom kostole vraj vylial trochu vína už po premenení na krv svätú a na obrúsku sa vytvorila tvár trpiaceho Ježiša, z ktorej sa stala relikvia svätej krvi,“ hovorí turistický sprievodca Milan Kolcun. „Druhá teória hovorí, že to mal byť kostol, ktorý chceli postaviť nemeckí kolonisti. Začali svätyňou. No nevieme, prečo ho nedostavali.“
Isté, je že pamiatka slúžila ako cintorínska kaplnka. V jej okolí sa totiž v stredoveku rozprestieral najstarší košický cintorín. Ukrýval telesné pozostatky stoviek zosnulých. „Keď sa už na cintorín nedalo pochovávať pre málo miesta, zobrali kostry a odniesli ich do kostnice v podzemí kaplnky. A pochovávali ďalej na cintoríne. Pozostatky v podzemí práchniveli, takýchto vrstiev sa našlo až sedem,“ prezradil Kolcun. Pôvodný účel pripomínajú aj náhrobné kamene v stenách pamiatky.
Záhadou ostávajú zvláštne, akoby vyvŕtané diery na kameni pred vchodom. Podľa niektorých legiend používali prášok z kaplnky bosorky do elixírov. Iné vravia o jeho symbolickom využití pri stavbe nových kostolov. Kaplnka sv. Michala bola kedysi dvakrát väčšia. Terajšiu podobu dostala na začiatku minulého storočia, keď puristickí reštaurátori zbúrali podľa nich nepôvodnú prístavbu zo 16. storočia.
