Tvrdí to bratislavský župan Pavol Frešo, podľa ktorého ministerstvo dopravy už s týmto projektom nepočíta. Podľa jeho slov hrozí, že neopravia ani bývalú budovu stanice Filiálka, ktorá bola jeho kľúčovou súčasťou. Ministerstvo však tvrdí, že v tejto lokalite vznikne nová regionálna stanica.
Ministerstvo dopravy vypracovalo plán rozvoja dopravnej infraštruktúry do roku 2020. „Projekt Filiálky vypadol z hlavného dopravného plánu rozvoja dopravy od roku 2014 do 2020, čiže to pripojenie cez Paríž - Viedeň - Bratislavu, na ktoré sme sa spoliehali a ktorého kostrou mala byť Filiálka, sa neuskutoční,“ povedal Pavol Frešo. Spolu s odborníkmi z hlavného mesta aj z ministerstva sa chce župan dohodnúť, za akých možností by sa dal projekt zrealizovať.Podľa ministerstva dopravy sa v minulosti počítalo s novým tunelom z Filiálky popod celé mesto a Dunaj, tieto megalomanské plány sa však ukázali ako nereálne. Bratislava má byť naďalej uzlom základnej železničnej siete s napojením na Rakúsko. Podľa ministerstva pri Trnavskom mýte vznikne nová regionálna stanica. S obstarávaním projektovej dokumentácie chcú začať v najbližšom období.
Projekt TeN-T 17 Slovákom mal priniesť prepojenie železničných koridorov takým spôsobom, aby mohol medzi Bratislavou a Mníchovom premávať rýchlovlak. Zároveň mal spojiť koľajové trate v Bratislave a uľahčiť tak cestovanie v hlavnom meste. Kľúčovou súčasťou projektu mala byť zrekonštruovaná stanica Filiálka.
