Do nadchádzajúceho školského roka sa totižto prihlásilo iba sedem študentov. Arcidiecéza teda nemala na výber. O zatvorení informoval riaditeľ školy Marek Nádaský na webovej stránke školy. Dôvodom je nízky počet prihlásených študentov do prvého ročníka. O štúdium v školskom roku 2016/2017 prejavilo záujem iba sedem uchádzačov. „S takýmto počtom žiakov nám platná legislatíva neumožňuje otvoriť triedu 1. ročníka. Na celej škole by teda zostalo 45 žiakov v troch triedach,“ napísal Nádaský. Pôvodne chlapčenská saleziánska škola s internátom už dlhší čas bojovala s nedostatkom žiakov. Náhradou by sa mala stať Spojená škola sv. Františka Assiského v Malackách. Zatvorenie almy mater zarmútilo mnohých jej bývalých študentov.
Zvlášť tých, ktorí pomáhali školu budovať. Jedným z nich je aj Václav Faltus, ktorý bol súčasťou prvého ročníka študentov tohto gymnázia vôbec. „Je to obrovská škoda. Hlavne preto, že škola vychovala mnohých úspešných ľudí. Mnoho z nás exalievov – saleziánskych odchovancov, je veľmi úspešných a zastávame vysoké funkcie v rôznych sférach,“ povedal. Saleziánsku školu pritom chceli z ekonomických dôvodov zatvoriť už v roku 2008. Zachránil ju bratislavský arcibiskup. Gymnázium však museli často dotovať z iných škôl, ktoré majú v správe. Škola prešla od prevzatia arcidiecézou mnohými zmenami. Na dovtedy čisto chlapčenskú škola školu zavítali aj dievčatá a zrušil sa povinný internát pre chlapcov. Ani tieto zmeny však neprilákali viac študentov.
