V stredajšom stretnutí tretieho kola uspeli na ihrisku MŠK Púchov 3:0. V šestnásťfinále ich vyzve Thermál Veľký Meder, ktorý po remíze 0:0 vyradil Fomat Martin 3:1 v rozstrele z 11 m.
Tretie kolo uzavrel duel treťoligového Družstevníka Veľké Ludince s fortunaligovou Senicou, ktorý po 90 minútach skončil 1:1. Rozhodnúť tak musel rozstrel z 11 m, ktorý Senica nezvládla, prehrala ho 3:5 a je prvým klubom z najvyššej súťaže, ktorý skončil v aktuálnom 48. ročníku SP.
3. kolo SP - Slovnaft Cupu 2016/2017:
MŠK Púchov - AS Trenčín 0:3 (0:1)
ŠK 1923 Gabčíkovo - FK Slovan Duslo Šaľa 1:2 (0:0)
MŠK Thermál Veľký Meder - MŠK Fomat Martin 0:0, 3:1 rozstrel z 11 m
TJ Družstevník Veľké Ludince - FK Senica 1:1 (1:0), 5:3 rozstrel z 11 m