Podľa nich mal spáchať trestný čin tým, že súhlasil so stopnutím vyšetrovania v kauze Bašternák. Toho, čo mal dohliadať na policajtov, budú samého vyšetrovať. Špeciálny prokurátor Dušan Kováčik v roku 2014 odobril zastavenie vyšetrovania podozrenai z daňových podvodov Ladislava Bašternáka. To sa nepáči vyšetrovateľom, a tak podali na neho trestné oznámenie. Generálna prokuratúra potvrdila, že oznámenie prijala. „Je v štádiu preverovania,“ uviedla jej hovorkyňa Andrea Predajňová.
Kováčik sa bráni tým, že po medializovaní kauzy to bol práve on, kto dal nanovo vyšetrovať podozrivé vratky DPH Bašternákových firiem. Na druhej strane práve on to isté vyšetrovanie nadobro zastavil. Okrem iného sa policajti sťažujú, že Kováčik od roku 2008 nepodal ani jednu žalobu. Generálny prokurátor Jaromír Čižnár tak bude preverovať svojho kolegu Kováčika. Napätie medzi obomi je citeľné už dlhší čas.