Veľké pracovné vyťaženie a neustály tlak na jeho osobu sa podpísali na Kováčovom zdraví. Hoci už nestál na čele Slovenska, správy o jeho podlomenom zdraví neustále tvorili obsah domácich správ.
Problémy so stabilitou
- exprezidenta na začiatku júla 2005 hospitalizovali na oddelení 1. neurologickej kliniky Nemocnice ministerstva vnútra
- dlhodobo ho trápila zhoršená stabilita a závraty
- bolesti krčnej chrbtice
Parkinsonova choroba
- v roku 2008 Michal Kováč verejne priznal, že trpí syndrómom Parkinsonovej choroby
- začal chodiť na pravidelné lekárske kontroly
- priznal, že sa mu zmenil hlas na tlmenejší a jeho rukopis je horšie čitateľný
Bolesti chrbtice
- bývalý slovenský prezident ležal začiatkom roka 2009 v brnianskej fakultnej nemocnici v Česku
- pre bolesti chrbtice absolvoval špeciálne vyšetrenia, ktoré sa robia len v Brne
Kolaps
- v polovici júla 2010 ležal exprezident dlhých päť týždňov na bratislavských Kramároch
- lekári sa vyjadrili, že hospitalizáciu si vyžiadal kolaps spôsobený Parkinsonovou chorobou spolu s vysokými horúčkami
Urologická operácia
- na začiatku januára 2011 ho hospitalizovali na internej klinike v nemocnici na Kramároch
- dostal zimnicu a skolaboval
- podrobil sa aj menšej operácii urologického charakteru
