Kiska zákon vetoval, pretože podľa jeho slov narúša vyváženosť postavenia niektorých zákonom zriadených kancelárií.
Základným cieľom právnej normy je zefektívniť fungovanie štátnej služby založenej na odbornosti, nezávislosti a nestrannosti. Podľa Kisku však schválením doplňujúcich a pozmeňujúcich návrhov v druhom čítaní došlo k niekoľkým zásadným zmenám, ktoré narúšajú spomínanú vyváženosť kancelárií. Doterajšie postavenie týchto kancelárií – Kancelárie NR SR, Kancelárie prezidenta, Kancelárie Ústavného súdu, Kancelárie verejného ochrancu práv a Najvyššieho kontrolného úradu – bolo v otázke kontroly dodržiavania zákona o štátnej službe i odmeňovania štátnych zamestnancov rovnocenné. A Kiska tvrdí, žeby to malo byť zachované aj v budúcnosti.
"Nezávislosť, rozdelenie moci a vzájomná kontrola nie sú dané len spôsobom vymenovania, kompetenciami či systémovým usporiadaním, ale aj zabezpečením reálnej materiálnej nezávislosti, prostredníctvom dostatočného množstva prostriedkov na výkon svojich kompetencií a výberu personálneho aparátu," argumentuje hlava štátu v odôvodnení vrátenia zákona.
"Navyše, niet žiadneho ústavne akceptovaného dôvodu na to, aby sa trvalo na nerovnakých podmienkach výkonu štátnej služby tak, ako vyplývajú zo schváleného zákona," odkázal Kiska, podľa ktorého sa schválením zmien doterajšia rovnováha medzi kanceláriami narušila tým, že sa zvýhodnilo vo viacerých aspektoch postavenie Kancelárie NR SR. Podľa prezidenta je toto zvýhodnenie neodôvodniteľné a neprimerané.
Konkrétne ide o odlišné pravidlá pre Kanceláriu NR SR oproti iným kanceláriám pri kontrole dodržiavania zákona o štátnej službe, pri ustanovení podrobností o výberových konaniach a pri platových tarifách štátnych zamestnancov. Kiska to považuje za neodôvodnené rozlišovanie medzi služobným úradom, ktorým je Kancelária Národnej rady, a služobnými úradmi, ktorými sú kancelárie ďalších uvedených ústavných orgánov, pričom doterajšia právna úprava rešpektovala nezávislé a rovnocenné postavenie jednotlivých zložiek moci.
Cieľom samotného zákona z dielne Úradu vlády SR je zabezpečiť odpolitizovanú štátnu správu. V záujme skvalitnenia výkonu štátnej služby sa má zriadiť Rada pre štátnu službu, ktorá má byť nezávislým koordinačným a monitorovacím orgánom. Jeho základnou úlohou bude ochrana princípov, na ktorých je štátna služba budovaná, a dohľad nad dodržiavaním etického kódexu štátneho zamestnanca.
