Vo funkcii ho dočasne nahradí 72-ročný generálporučík Keith Kellogg, informovala v noci nadnes televízia CNN. Túto informáciu neskôr oficiálne potvrdil aj Biely dom. Flynn sa dostal pod tlak kvôli svojim kontaktom s ruskou vládou. Biely dom v pondelok prostredníctvom svojho hovorcu Seana Spicera oznámil, že prezident Donald Trump situáciu "preskúma", no s viceprezidentom Mikeom Penceom a ďalšími spolupracovníkmi hovoril o otázke, ktorá je podľa neho oveľa dôležitejšia a tou je národná bezpečnosť USA. Krátko predtým Trumpova poradkyňa Kellyanne Conwayová v televízii MSNBC uviedla, že Flynn má "plnú dôveru prezidenta".
Denníky Washington Post a New York Times v piatok napísali, že Flynn v rozpore so svojimi nedávnymi tvrdeniami vlani koncom decembra telefonicky hovoril s ruským veľvyslancom vo Washingtone Sergejom Kisľakom o nových sankciách voči Rusku, ktoré pripravoval vtedajší americký prezident Barack Obama. Podľa denníka Washington Post sa spomínaný telefonát odohral v deň oznámenia sankcií voči Rusku v podobe vyhostenia ruských diplomatov z USA. V takom prípade by telefonát mohol byť vnímaný aj ako porušenie zákona.
Spomínané americké denníky s odvolaním sa na nemenovaný zdroj uviedli, že Flynn, ktorý vtedy ešte nebol v úrade, o sankciách hovoril a Rusku odporučil, aby na ne nereagovalo príliš ostro. Upozornil tiež na to, že obe strany by sa mohli touto otázkou zaoberať, keď sa Trump ujme funkcie.
Informácie o Flynnovom telefonáte s Kisľakom boli zverejnené už pred niekoľkými týždňami; Flynn jeho konanie potvrdil, ale poprel, že sa týkal Obamom uvalených sankcií. Viceprezident Mike Pence následne Flynna verejne "podržal" v niekoľkých rozhovoroch pre médiá. Vo svojom vyhlásení Flynn konštatoval, že neúmyselne nehovoril pravdu a celú svoju kariéru založil na poctivosti a úprimnosti. Prezidentovi i viceprezidentovi sa za to ospravedlnil a oni toto ospravedlnenie prijali.
"Chcem sa poďakovať prezidentovi Trumpovi za jeho osobnú lojalitu a za priateľstvo tých, pre ktorých som pracoval počas tvrdej volebnej kampane, výzvy prechodného obdobia a počas prvých dní jeho prezidentovania," napísal Flynn. Trump nominoval Flynna za svojho poradcu pre bezpečnostné otázky vo februári 2016. Jeho kontakty s Ruskom vzbudili pozornosť už počas volebnej kampane. Koncom roka 2015 sa Flynn zúčastnil na oslavách desiateho výročia vzniku prokremeľskej spravodajskej televízie RT (predtým Russia Today), na ktorých sedel vedľa ruského prezidenta Vladimira Putina.
