Vtedajší prezident Michal Kováč ho odmietol vymenovať za ministra privatizácie. SIS bola počas jeho šéfovania zapletená do zavlečenia Michala Kováča ml. do zahraničia. V máji roku 2000 opustil územie Slovenska a bolo po ňom vyhlásené medzinárodné pátranie. V roku 2002 bol na základe medzinárodného zatykača zadržaný v JAR. Absolvoval sériu súdnych procesov, z ktorých vyšiel s čistým štítom ako nevinný. Vo dvoch prípadoch sa naňho vzťahovali amnestie vydané Mečiarom v 90. rokoch. V súčasnosti si užíva voľný čas na svojom ranči v Pezinku a podniká v hotelierstve
Vladimír Lexa starší
Ivan Lexa je synom Vladimíra Lexu - bývalého riaditeľa Chemolaku Smolenice a námestníka ministra priemyslu Slovenskej socialistickej republiky. Vladimír Lexa starší sa 12. decembra 1989 stal 1. podpredsedom slovenskej vlády Milana Čiča a predsedom Slovenskej komisie pre plánovanie a vedecko-technický rozvoj.
Poradca ministra financií
Vladimír Lexa starší robil tiež poradcu vtedajšiemu ministrovi financií Michalovi Kováčovi, ktorý vo funkcii pôsobil od 12. decembra 1989 do 18. mája 1991. Vladimír Lexa prestal radiť ministrovi financií vtedy, keď Kováča vo funkcii vystriedal Jozef Dančo. Potom Lexa starší zavesil politiku na klinec a venoval sa už len podnikaniu.
Šéf kontroverznej SIS
Po voľbách z roku 1994 poslanci za HZDS presadili zmenu zákona, aby riaditeľa SIS namiesto prezidenta vymenúvala vláda. Predseda vlády Vladimír Mečiar potom do tejto funkcie menoval Ivana Lexu. Počas jeho šéfovania mala byť SIS zapletená aj do zavlečenia Michala Kováča mladšieho do Rakúska.
Spor s prezidentom Kováčom
V rokoch 1993 - 1994 Ivan Lexa pôsobil ako štátny tajomník Ministerstva pre správu a privatizáciu národného majetku SR. Vtedajší prezident Michal Kováč ho však odmietol vymenovať za ministra privatizácie. „Voči menovaniu pána Lexu do funkcie ministra som mal a stále mám zásadné výhrady. Pán Lexa nespĺňa predpoklady na vykonávanie tejto funkcie a nemá ani moju osobnú dôveru,“ odôvodnil vtedy svoj postoj Kováč.
Solventný brat
Núdzu o finančné prostriedky nemá ani brat bývalého šéfa SIS Vladimír Lexa mladší, ktorý je známy svojím biznisom a pôsobením v niekoľkých firmách.
