Tesne pred odchodom z prevažne moslimskej krajiny vyzval duchovných katolíckej menšiny v Egypte, aby boli "pozitívnou silou" svojej vlasti. "Ako motor vlaku, môžete byť rozhodujúcou silou vedúcou všetkých smerom k ich cieľu. Môžete šíriť nádej, budovať mosty a rozvíjať dialóg a harmóniu," povedal po taliansky.
Egyptský prezident Abdal Fattáh Sísí odprevadil pápeža na káhirské letisko. Františkova návšteva mala čiastočne za cieľ poskytnúť útechu egyptskej kresťanskej menšine po sérii smrtiacich bombových útokov, ktoré od decembra smerovali na ich kostoly. Pápež sa v piatok v Egypte zúčastnil na medzinárodnej mierovej konferencii zorganizovanej káhirskou univerzitou al-Azhar, ktorá je najdôležitejším strediskom sunnitskej islamskej teológie.
V sobotu celebroval omšu na štadióne vzdušných síl egyptskej armády na predmestí Káhiry, na ktorej sa podľa tlačovej agentúry AP zúčastnilo približne 15.000 egyptských katolíkov. Po odchode zo štadióna sa zastavil v rímskokatolíckom seminári na predmestí Káhiry, kde povedal stovkám egyptským katolíckym kňazom, aby sa prestali sťažovať na výzvy, ktorým čelia, a namiesto toho usilovali o harmóniu a dialóg. Vyzval ich, aby svojich veriacich viedli a nenechali sa zdeptať pesimizmom a sklamaním. Zo seminára odišiel rovno na letisko.