Medzi najprominentnejšie prípady patrili aféry Festina v roku 1998 či Operación Puerto o osem rokov neskôr. História si však pamätá aj vylúčenia, ktoré nesúviseli s dopingom.
Hneď v druhej edícii v roku 1904 sa konal premiérový škandál. Už počas pretekov diskvalifikovali deviatich jazdcov za nedovolené využívanie automobilov alebo vlakov na prepravu v častiach etáp. Po niekoľkomesačnom vyšetrovaní vylúčili všetkých víťazov etáp a prvých štyroch mužov celkového poradia na čele s víťazom Mauriceom Garinom. V tomto období tiež podporovatelia miestnych pretekárov atakovali ich konkurentov.
Nemec Dietrich Thurau mal prezývku "Blonďavý anjel", ale v roku 1985 ukázal svoju odvrátenú tvár. Tour sa preňho skončila, keď napadol komisára po tom, ako mu ten udelil časovú penalizáciu. O dvanásť rokov neskôr stratil Belgičan Tom Steels v hromadnom špurte nervy a hodil fľašku po francúzskom súperovi Frédéricovi Moncassinovi. Takisto najnovšie diskvalifikácie sa udiali po kontroverzných dojazdoch. Jury pretekov sa v roku 2010 rozhodla vylúčiť Austrálčana Marka Renshawa za jeho hlavičku do súpera, ktorou v špurte "uvoľnil" cestu za triumfom svojmu britskému tímovému kolegovi Markovi Cavendishovi v jedenástej etape s cieľom v Bourg-Les-Valence.
Tento rok diskvalifikovali Slováka Petra Sagana za vrazenie do Cavendisha v záverečnom špurte utorňajšej štvrtej etapy do Vittelu. Úradujúci majster sveta približne 50 metrov pred cieľom vystrčil lakeť, zasiahol vedľa neho špurtujúceho Cavendisha, ktorý vletel do ochrannej bariéry. Následne cez neho prepadli ďalší jazdci. Slovákovi, ktorý obsadil druhé miesto, najskôr za kolíziu udelili tridsaťsekundovú penalizáciu a odobrali mu 80 bodov. Jury však neskôr rozhodla o úplnej diskvalifikácii. Podľa nej priamo zavinil Cavendishov pád. Saganov tím Bora-Hansgrohe na druhý deň neuspel s protestom a Medzinárodná cyklistická únia (UCI) potvrdila jeho vylúčenie z pretekov. Správu priniesla agentúra DPA.
