Hlava štátu tak reagovala na pochybnosti ohľadom rozdeľovania eurofondov na ministerstve školstva na výskum a inovácie. "Minister školstva Peter Plavčan ma nepresvedčil, že eurofondy budú použité na naozaj špičkový výskum, vývoj a inovácie. Nepresvedčil ma, že financie boli prideľované transparentným spôsobom a že vyhodnocovanie viedli špičkoví odborníci v danej oblasti. Preto očakávam oveľa razantnejšie a pre verejnosť zrozumiteľnejšie kroky než tie doterajšie," uviedol Kiska.
Ministerstvo školstva od začiatku júla čelí kritike pre zvláštne rozdeľovanie eurofondov na výskum a inovácie. Opozícia pre túto kauzu žiada odchod ministra školstva Plavčana aj to, aby sa SNS vzdala ministerstva školstva. Informovala, že už má zozbierané podpisy na mimoriadnu schôdzu k návrhu na odvolanie Plavčana. Problémy s eurofondmi boli aj jedným z dôvodov aktuálnej vládnej krízy.
Plavčan v pondelok (14.8.) informoval, že ministerstvo školstva zruší problematickú eurofondovú výzvu na dlhodobý strategický výskum a vývoj. Zároveň v najbližšom období vypíše novú. Taktiež zruší aktuálnu databázu hodnotiteľov eurofondových projektov a v septembri vypíše výzvu na nových hodnotiteľov. Zároveň sa zmení systém vyhodnocovania projektov. Zopakoval, že si treba počkať na výsledky vyšetrovania a potom prijme opatrenia.
Európska komisia (EK) neskôr pozastavila platby v štyroch výzvach na ministerstve školstva a rezortu zakázala podpisovať nové zmluvy s prijímateľmi dotácií. Pozastavenie eurofondov oznámila EK vo varovnom liste. Rozdeľovanie eurofondov rieši okrem Európskeho úradu pre boj proti podvodom aj Národná kriminálna agentúra (NAKA).