Aj ich rozpočty majú byť formálne a bez zodpovednosti za udržateľnosť. Kontrola tiež odhalila, že súkromné nemocnice sa, naopak, rozhodujú na základe analýz, rovnako, že viaceré prístroje dokážu nakúpiť za výrazne nižšie ceny. NKÚ sa bližšie pozrel na roky 2011 až 2015. Kontrolóri zistili, že ak sieť nemocníc vlastní súkromník, spravidla využíva centrálne obstarávanie pre všetky nemocnice, čo umožňuje získavať rôzne finančné a časové benefity z hromadného nákupu. Pri štátnych a samosprávnych nemocniciach im takýto postup v čase kontrol chýbal.
"Viaceré prístroje v súkromných nemocniciach boli zakúpené za cenu výrazne nižšiu, než obstarali nemocnice s inou formou vlastníctva," povedala hovorkyňa NKÚ Daniela Bolech Dobáková. Pri niektorých nákupoch došlo podľa nej k úspore 50 či 60 percent. Vážny problém našli kontrolóri pri nákladovosti zdravotníckych výkonov. NKÚ tvrdí, že tá mohla byť v mnohých prípadoch priaznivejšia, ak by sa aspoň čiastočne využil manažérsky prístup k riadeniu a systematická kontrola. V tomto si opäť počínali najlepšie súkromné nemocnice. Tie totiž v priemere vynaložili na 100 eur poskytnutej zdravotnej starostlivosti 98 eur, zatiaľ čo štátne 122, transformované 111 a samosprávne 114 eur.
Za pozitívny príklad označil NKÚ Ľubovniansku nemocnicu s nákladmi 92 eur alebo štátny Národný onkologický ústav v Bratislave s nákladmi 95 eur na 100 eur poskytnutej zdravotnej starostlivosti. Naopak, najvyššie náklady na 100 eur vykázala spomedzi všetkých kontrolovaných zariadení Nemocnica svätého Michala v Bratislave, a to až 192 eur, čo je takmer dvojnásobok. "V systéme cenotvorby zdravotníckych výkonov tu chýbajú jasné pravidlá stanovovania cien, je tu potrebná zmena v definovaní oprávnených nákladov na jednotlivé výkony," uviedla Bolech Dobáková s tým, že NKÚ považuje nedostatky v tejto oblasti za jednu z hlavných príčin zadlžovania nemocníc.
Nedobré výsledky ukázala Nemocnica sv. Michala aj počas kontroly hospodárenia transformovaných nemocníc. Hospodárenie väčšiny sa končilo so ziskom, spomínané zariadenie malo tieto výsledky počas celého kontrolovaného obdobia záporné (kumulovaná strata viac než 17,7 mil. eur). Naopak, najlepší hospodársky výsledok dosiahol za sledované obdobie Východoslovenský onkologický ústav v Košiciach (5,2 milióna eur). Súkromné nemocnice boli ziskové s výnimkou nemocnice v Partizánskom, ktorá vo väčšine sledovaných rokov dosahovala stratu (spolu 496.000 eur).
NKÚ sa počas tretej etapy kontroly bližšie pozrel na hospodárenie a nakladanie s majetkom v dvoch príspevkových organizáciách, troch samosprávnych nemocniciach, štyroch transformovaných zdravotníckych zariadeniach a šiestich súkromných nemocniciach. Kontroloval obdobie rokov 2011 až 2015. V súčasnosti prebieha štvrtá, záverečná etapa kontroly na Ministerstve zdravotníctva SR a v zdravotných poisťovniach. NKÚ preveruje, ako tieto inštitúcie riešia či plánujú riešiť hlavné problémy uskutočňovania zdravotníckej politiky, na ktoré poukázali doterajšie výsledky kontrol NKÚ v nemocniciach.