NKÚ vykonal kontrolu realizácie výziev a vyzvaní v programovom období 2014–2020 VA pri rozhodovaní o poskytnutí nenávratného finančného príspevku (NFP). NKÚ zistil viaceré nedostatky. "Agentúra okrem iného rozšírila podmienky na predkladanie žiadosti tak, že o nenávratný príspevok sa mohol uchádzať aj subjekt, ktorý nemusel mať dostatočnú spôsobilosť vykonávať kvalitné výskumno-vývojové aktivity. Týmto krokom umožnila podnikateľom, ktorí nemuseli mať dostatočnú spôsobilosť vykonávať kvalitné výskumno-vývojové aktivity, aby sa stali oprávnenými žiadateľmi," uvádza sa v stanovisku NKÚ.
Kontrola preukázala, že v procese odborného hodnotenia vo Výzve na podporu Priemyselných výskumno-vývojových centier boli hodnotiace kritériá postavené značne subjektívne, a to v prípade šiestich bodovaných otázok z dvanástich. Výskumná agentúra tiež nedostatočne zabezpečila odbornosť hodnotiteľov, keď príslušnú oblasť konkrétnej žiadosti hodnotil odborník z inej oblasti.
Kontrola zároveň odhalila, že niektorí odborní hodnotitelia boli členmi dozorných rád spoločností, ktoré boli žiadateľmi o príspevok.
Závery kontroly vyústili do 20 odporúčaní na zlepšenie stavu a odstránenie zistených nedostatkov. Na základe závažných zistení úrad vykoná samostatnú kontrolu plnenia opatrení v roku 2018. Kontrolóri odporúčajú agentúre, aby do nových postupov premietla príklady dobrej praxe pri podpore výskumných projektov vyplývajúcej napríklad z programu Horizon 2020. Agentúra v spolupráci s Ministerstvom školstva, vedy, výskumu a športu SR by mala zadefinovať nové pravidlá pre výber odborných hodnotiteľov tak, aby hodnotenie vykonávali hodnotitelia s dostatočnou praxou a odbornými znalosťami, aby procesy boli v súlade s európskymi princípmi transparentnosti, objektívnosti a nestrannosti.