Namiesto úľavy sa dostavili ďalšie bolesti. Okrem zubov ho začalo bolieť ucho a neskôr i celá hlava. Nakoniec utrpenie vyvrcholilo tým, že na jeho mozog zaútočila agresívna baktéria meningokok.
Ako píše český denník Blesk, Menzel bolesti podcenil a nevyhľadal pomoc. Pritom práve podanie antibiotík hrá v jeho prípade rozhodujúcu úlohu. Podľa blízkeho pripisoval známy režisér bolesti blížiacemu sa jubileu. Režisér prehliadal svoj nalomený zdravotný stav natoľko, že bol ochotný ešte aj odcestovať na Slovensko. To iba urýchlilo jeho zdravotný kolaps. Po šiestich nedeliach však režisér doma skolaboval.