Khán zastrelil dve antilopy jelenie v roku 1998, keď nakrúcal film v štáte Radžastan ležiacom na severozápade Indie. Spolu s Khánom sa z rovnakého trestného činu zodpovedali aj štyria ďalší herci. Tých však súd v meste Džódhpur obvinení zbavil. Khánovi teraz hrozí jeden až šesť rokov väzenia. Proti rozhodnutiu súdu sa však ešte môže odvolať.
Nejde o Khánov prvý stret so zákonom. V roku 2015 ho súd zbavil obvinenia v prípade, keď ním vedené auto v roku 2002 narazilo do bezdomovcov spiacich na chodníku, pričom prišiel o život jeden človek. Khán z miesta činu ušiel.