Sám sa kajal, že až tretinu spisov týkajúcich sa pochybných nájomných zmlúv, bitia malých farmárov a biznisu s tučnými eurofondmi tamojší policajti a prokurátori zametali pod koberec.
Suchú niť nenechal ani na ministerke pôdohospodárstva za SNS Gabriele Matečnej (53). Aj keď nepriamo, povedal, že ministerka národniarov absolútne zlyhala. Kšefty s dotáciami na pôdu sa dejú už roky. No až vražda novinára Jána Kuciaka († 27) a jeho snúbenice túto tému dostala na verejnosť. Čižnár dal prešetriť 36 spisov hlavne z Michaloviec, kde bačovala napríklad smerácka „grófka“ Ľubica Rošková. Najmocnejší muž prokuratúry konštatoval, že až tretina spisov je zrelá na trestné stíhanie, keď sa policajti a prokurátori snažili o všetko, len nie o vyšetrenie trestných oznámení zúfalých farmárov. Preto na jeho pokyn začali prešetrovať aj policajtov a prokurátorov. „Poniektorí prokurátori sa na východe riadia vlastným svedomím a názorom, a nie právom,“ povedal Čižnár, ktorý potvrdil, že za „svedomím“ ľudí mohlo byť prijímanie úplatkov. Aby vylúčil zasahovanie do vyšetrovania, vyšetrovanie majú na starosti prokurátori z Trenčína.
Prokurátor skritizoval aj ministerku pôdohospodárstva Matečnú a systém prerozdeľovania eurodotácií na pôdu. „Tvrdím stále, či sa niekto urážať bude, alebo nie. Systém kontroly v Poľnohospodárskej platobnej agentúre je absolútne nepostačujúci a je to systémová chyba,“ komentoval Čižnár otázku, či sa neobáva, že spustí ďalšiu vládnu krízu. Matečná totiž spadá pod SNS Andreja Danka, ktorý ju už v minulosti podržal. Čižnár dodal, že dotácie na pôdu vôbec nie sú problém len východného Slovenska. „Generálny prokurátor prichádza ako manna z neba. Chvalabohu, že niekto tieto veci začal sledovať,“ reagoval jeden z dotknutých farmárov František Oravec. „Agrorezort oceňuje rázne kroky prokuratúry a polície. Ministerka sa stretne s generálnym prokurátorom a bude s ním hovoriť o pochybeniach prokurátorov,“ reagoval rezort pôdohospodárstva.