Šampióna pretekov s hromadným štartom z nedávnych MS v rakúskom Innsbrucku sa prítomní žurnalisti spýtali na jeho účasť v neslávne známej "Operación Puerto", keď pred 12 rokmi v dopingovej sieti lekára Eufemiana Fuentesa uviazli desiatky elitných, zväčša španielskych cyklistov. Nahnevaný Valverde odvetil, že na toto odpovedať nebude.
"Na Opeación Puerto sa ma nepýtajte. To je voda tečúca pod mostom. kto sa ma na to pýta, asi nevie, čo so sebou. Je to hlúpe," podráždene reagoval Valverde na webe Cyclingnews.
Operación Puerto je krycí názov španielskej polície pre rozsiahlu antidopingovú raziu z roku 2006, ktorá mala usvedčiť lekára Eufemiana Fuentesa z poskytovania dopingu špičkovým športovcom, najmä cyklistom. Počas razie v jednej z jeho rezidencií našli tisícky dávok anabolických steroidov, stovky zakázaných krvných produktov a tiež prístroje určené na manipulácie s nimi. Jeden zo zaistených krvných vakov sa spájal práve s Valverdeho menom, čo sa však nikdy nepodarilo spoľahlivo vyšetriť. Na konci roka bol oficiálne očistený španielskou jurisdikciou.